Qua thanh tra, đã phát hiện, xử lý theo thẩm quyền hoặc kiến nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền xử lý nhiều sai phạm, thu hồi tiền, tài sản cho Nhà nước và tập thể, cá nhân; đồng thời kiến nghị với cấp có thẩm quyền sửa đổi, bổ sung nhiều cơ chế, chính sách, pháp luật nhằm khắc phục những khuyết điểm, sơ hở trong công tác quản lý, góp phần phát triển kinh tế và tăng cường trật tự, kỷ cương xã hội. Các cuộc thanh tra được tiến hành có trọng tâm, trọng điểm. Việc chỉ đạo, điều hành hoạt động thanh tra sâu sát, cụ thể, phân công trách nhiệm rõ ràng hơn; Hầu hết kết quả các cuộc thanh tra đã được các cơ quan, tổ chức, cá nhân nhất trí, dư luận đồng tình, ủng hộ, vì thế vai trò, vị thế của cơ quan Thanh tra được nâng lên rõ rệt. 
Tuy nhiên hoạt động thanh tra trong thời gian vừa qua vẫn còn một số tồn tại như sau:

Thứ nhất, thấy rõ sự phụ thuộc quá lớn của các cơ quan thanh tra nhà nước vào cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp cả về về tổ chức, nhân sự, kinh phí, trong việc xây dựng chương trình, kế hoạch thanh tra, trong quá trình tiến hành thanh tra cũng như giai đoạn kết thúc, kết luận và kiến nghị xử lý. Điều này phần nào ảnh hưởng đến tính chủ động và độc lập trong hoạt động thanh tra.

 Thứ hai, thời hạn các cuộc thanh tra thường kéo dài, vi phạm thời gian theo quy định của pháp luật, không đáp ứng được yêu cầu khẩn trương, kịp thời của công tác quản lý nhà nước. Hàng năm, số lượng Đoàn thanh tra không thực hiện đúng tiến độ theo quy định pháp luật và phải chuyển sang năm sau để tiếp tục thực hiện chiếm tỷ lệ khá cao. Thực trạng này do một số nguyên nhân: i)Việc chuẩn bị trước khi tiến hành thanh tra còn hạn chế, việc nắm thông tin về nội dung thanh tra chưa đầy đủ, việc khảo sát xây dựng đề cương chưa được coi trọng đúng mức dẫn đến đề cương, kế hoạch thanh tra chưa xác định được trọng tâm, trọng điểm vì vậy khi tiến hành thanh tra gặp nhiều khó khăn trong khâu thẩm tra, xác minh, kết luận. ii)Khi tiến hành thanh tra chưa tiên lượng được phần việc và tính phức tạp của nó nên không chủ động để thực hiện. Việc duy trì chế độ thông tin và xử lý vấn đề phát sinh giữa thành viên Đoàn thanh tra trong các khâu lập biên bản, Báo cáo kết quả thanh tra của thành viên Đoàn thanh tra chưa được sâu sát, chưa được thảo luận kỹ nên chưa phát hiện kịp thời những vướng mắc để xử lý ngay trong khi còn thanh tra tại đơn vị. iii)Nhiều cuộc thanh tra có tình tiết phức tạp cần phải thẩm tra, xác minh hoặc liên quan đến nhiều đối tượng khác nhau, đặc biệt là những vụ việc trong lĩnh vực đất đai cần phải có thời gian để trích lục các tài liệu cũ hoặc có những cuộc thanh tra có nội dung liên quan đến chuyên môn sâu về kỹ thuật chuyên ngành nên cần tham vấn ý kiến của các nhà chuyên môn. iv)Thời hạn cuộc thanh tra bị kéo dài còn do những trường hợp cản trở, chống đối, bất hợp tác của đối tượng thanh tra thể hiện thông qua rất nhiều thủ đoạn tinh vi như: không cung cấp, cung cấp không đúng, không đầy đủ thông tin tài liệu, tẩu tán, tiêu hủy chứng cứ, cố tình dây dưa kéo dài thời gian làm việc, hoặc tạo ra nhiều khó khăn, cản trở hoạt động của Đoàn thanh tra… Nhưng những hành vi này hầu như không bị xử lý hoặc không xử lý được vì thiếu chế tài. Vì vậy làm cho hoạt động thanh tra gặp rất nhiều khó khăn.